经过两个多月的谈判，大明与萨摩岛津终于达成最终的和平协议，并通过日本幕府同意正是签署，史称《鹿儿岛条约》。
鹿儿岛条约包括如下内容：
大明立刻停止对萨摩岛津的一切军事行动；萨摩岛津公开澄清琉球归属大明的事实，并且日本幕府承认大明是其宗主国，不过这一条日本幕府开始不承认，但是后来为了得到大明军事上的援助，而解决国内岛原、天草之乱，因此达成了一个秘密协定，没有对外公开。
日本萨摩藩割让吐噶剌列岛及所有附属各岛屿给大明，这些岛屿日后将属于大明琉球行省，大明将派军队进行驻守。
萨摩藩赔偿大明军费二百万两白银；另商船的损失以及船员的伤亡失踪萨摩藩也要做出相应的赔偿，并郑重向大明道歉。
萨摩藩开放鹿儿岛郡、川内为商埠，同时日本幕府也答应对大明开放长崎、福冈、日南、宫崎等九州岛中南部数个港口为商埠，并在鹿儿岛设立租界，租界区域内立法行政以及安全都将有大明负责，租界之民并享有外交豁免之权。
允许大明商人人在日本通商口岸设立领事官和工厂及输入各种机器，并且还享受低额的税收，彼此的最惠国待遇；
日本国不得逮捕为大明军队服务的人员；
吐噶剌列岛内日本国居民，两年之内任便变卖产业搬出界外，逾期未迁者，将被视为大明公民。
条约批准后两个月内，两国派员赴鹿儿岛办理移交手续。
因为条约在萨摩藩的鹿儿岛签订的，所以这份合约理所当然的就被称之为《鹿儿岛条约》。
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